Il giorno del suo compleanno don Pino Puglisi viene ucciso davanti a casa con due colpi di pistola alla schiena. Le sue ultime parole sono: "Me l'aspettavo". Don Pino lo sapeva, il suo lavoro con i ragazzi di Brancaccio, terra di mafia, rappresentava una condanna a morte. Eppure, vero martire di Cosa Nostra e autentico interprete dello spirito evangelico, non rinunciò mai al suo impegno.
Don Ciotti, fondatore e animatore del Gruppo Abele e dell'associazione Libera, ha detto: "Morì per strada, dove viveva, dove incontrava i 'piccoli', gli adulti, gli anziani, quanti avevano bisogno di aiuto e quanti, con la propria condotta, si rendevano responsabili di illegalità, soprusi e violenze. Probabilmente per questo lo hanno ucciso: perché un modo così radicale di abitare la strada e di esercitare il ministero del parroco è scomodo. Lo hanno ucciso nell'illusione di spegnere una presenza fatta di ascolto, di denuncia, di condivisione. Il prete palermitano ha incarnato pienamente la povertà, la fatica, la libertà e la gioia del vivere, come preti, in parrocchia. Con la sua testimonianza don Pino ci sprona a sostenere quanti vivono questa stessa realtà con impegno e silenzio". 
Il 28 giugno 2012 l'allora papa Benedetto XVI avvia il processo di beatificazione, primo martire della Chiesa ucciso dalla mafia, "in odio alla Fede". 
Il 25 maggio 2013 è proclamato beato davanti a una folla di circa centomila fedeli.