Ha studiato nella nativa Aquitania (Gallia romana) ed è buon letterato e teologo. Ma non sarà prete. Vive per molti anni, dal 426, nei monasteri di Marsiglia e della sua regione, come monaco laico. Non è martire e non ha fatto miracoli. La Chiesa lo venera come maestro di fede. Tra i monaci marsigliesi, Prospero vede diffondersi una dottrina secondo cui l’uomo è capace di volere il bene e di salvarsi con la sola sua volontà, sicché la grazia divina è preziosa, ma non indispensabile. Diffonde queste idee il monaco Pelagio, venuto dall’Inghilterra a Roma, e poi fuggito nel 410 verso il Nordafrica con molti romani, quando l’Urbe è stata saccheggiata dai goti di Alarico. Poi, dall’Africa alla Palestina, ha raccolto molti seguaci (specie tra gli anacoreti, volontari della penitenza) e ha disorientato fedeli e vescovi.
Al pelagianesimo ha reagito subito con energia Agostino vescovo di Ippona, con i trattati De peccatorum meritis, De natura et gratia e De spiritu et littera (412-415). Poi papa Innocenzo I e il concilio di Cartagine hanno respinto la dottrina di Pelagio. Ma nel marsigliese i monaci ce l’hanno con Agostino: i suoi trattati non li convincono, anzi! Si affretta Prospero a informare Agostino e a spiegargli che questi vanno orientati, c’è bisogno ancora di spiegare, di chiarire.  Agostino si rimette al lavoro, scrivendo un nuovo trattato con chiarimenti: è l’ultima sua opera prima di morire (a poca distanza da Pelagio). Ma ancora invano: quelli tengono duro, e come loro nel mondo cristiano ce ne sono molti… Così, Prospero si vota alla battaglia dottrinale e alla difesa di Agostino dalle accuse scaturenti a volte da incomprensione, da partito preso, da ignoranza, da certi modi agostiniani di esprimersi, da certa sua passionalità. Prospero non è un polemista. È uno che vuol far capire. È quello che assicura “l’integrazione della dottrina agostiniana su grazia e predestinazione nel patrimonio teologico della Chiesa”.
Nel 440 accompagna a Roma l’arcidiacono Leone, che al suo arrivo sarà eletto papa, succedendo a Sisto III, e si servirà di lui come estensore di testi dottrinali. Gran lavoratore, Prospero scrive anche di storia romana; tra le ultime opere teologiche si ricorda il trattato De vocatione omnium gentium, che è il primo scritto cristiano dedicato alla salvezza dei non cristiani. Muore dopo il 455 e non si conosce il luogo della sua sepoltura.